При плоскоклеточной карциноме in situ дисплазия затрагивает весь эпидермис, включая внутриэпидермальные участки кожных придатков. Обычно наблюдается паракератоз. Наблюдается выраженный акантоз с полной дезорганизацией структуры эпидермиса и нарушением полярности клеток.
Диспластические кератиноциты крупные с увеличенными неправильной формы гиперхромными ядрами с заметными ядрышками и обильной цитоплазмой. Иногда кератиноциты вакуолизированы из-за отложения гликогена, и в этом случае они могут быть PAS-положительными.
Большое количество митотических фигур, включая митозы с измененной конфигурацией, в изобилии наблюдается во всех слоях эпидермиса.
Дерма инфильтрирована многочисленными воспалительными клетками, включая лимфоциты, гистиоциты и плазматические клетки. Иногда инфильтрат приобретает лихеноидную форму и сопровождается гидропической дегенерацией базальных клеток и апоптозом, что имитирует лихеноидный кератоз.